fastGEN MPN Cancer Kit firmy BioVendor to zestaw RUO przeznaczony do szybkiego przygotowania bibliotek sekwencyjnych NGS dla wybranych regionów genów JAK2, MPL i CALR. Produkt został opracowany z myślą o genotypowaniu mutacji związanych z nowotworami mieloproliferacyjnymi (MPN, myeloproliferative neoplasms).
Zestaw wykorzystuje podejście oparte na amplifikacji krótkich ampliconów i wysokoprzepustowym sekwencjonowaniu NGS. Master Mixy dostarczane są w formacie gotowym do użycia, co skraca czas przygotowania biblioteki i ogranicza liczbę manualnych etapów.
Produkt przeznaczony jest wyłącznie do zastosowań badawczych — Research Use Only (RUO).
Nowotwory mieloproliferacyjne obejmują m.in. czerwienicę prawdziwą, nadpłytkowość samoistną oraz pierwotną mielofibrozę. Ich patogeneza jest ściśle związana z aktywującymi mutacjami somatycznymi w genach JAK2, MPL i CALR, które prowadzą do konstytutywnej aktywacji szlaku JAK-STAT.
fastGEN MPN Cancer Kit umożliwia przygotowanie bibliotek NGS do analizy profilu mutacyjnego w regionach docelowych tych genów. Informacja o profilu mutacyjnym może wspierać badania nad klasyfikacją MPN, różnicowaniem jednostek chorobowych oraz oceną znaczenia prognostycznego analizowanych wariantów.
Zestaw obejmuje wybrane regiony docelowe genów JAK2, MPL i CALR:
- JAK2 exon 12
- JAK2 exon 13
- JAK2 exon 14
- JAK2 exon 16
- MPL exon 4
- MPL exon 10
- MPL exon 12
- CALR exon 9
Producent wskazuje, że zestaw został zwalidowany dla wybranych mutacji w genach JAK2, MPL i CALR, w tym m.in. JAK2 V617F, wybranych delecji w JAK2 exon 12, wariantów MPL W515L/R, MPL V501A oraz najczęstszych mutacji w CALR exon 9.
fastGEN MPN Cancer Kit służy do przygotowania bibliotek NGS z izolowanego DNA. W pierwszym etapie uzyskiwane są krótkie amplicony przy użyciu jednej reakcji PCR z hybrydowymi starterami zawierającymi sekwencje tagujące. Średnia długość amplifikowanych sekwencji wynosi około 297 bp, co wspiera amplifikację materiału DNA i zwiększa wydajność przygotowania biblioteki.
Po amplifikacji produkty PCR są łączone w pulę, oczyszczane, oznaczane ilościowo, denaturowane i przygotowywane do sekwencjonowania. Dane sekwencyjne mogą być następnie analizowane w module fastGEN oprogramowania GENOVESA.
Procedura obejmuje:
- dodanie izolowanego DNA do odpowiedniego Master Mixu
- amplifikację w termocyklerze Real-Time PCR
- połączenie indeksowanych ampliconów w pulę
- oczyszczanie i oznaczanie ilościowe puli DNA
- denaturację biblioteki
- sekwencjonowanie NGS
- analizę danych w module GENOVESA fastGEN
Zestaw jest przeznaczony do analizy 16 próbek w jednym przebiegu sekwencjonowania. Minimalna ilość wejściowa DNA wynosi 5 ng, a wynik dodatni dla JAK2/MPL/CALR jest raportowany przy częstości wariantu ≥ 3%.
fastGEN MPN Cancer Kit został zaprojektowany jako szybkie i gotowe do użycia rozwiązanie do przygotowania bibliotek NGS. Całkowity czas przygotowania wynosi mniej niż 3 godziny, w tym mniej niż 30 minut pracy manualnej.
Master Mixy zawierają kompletne komponenty reakcyjne oraz indeksy, umożliwiając przygotowanie bibliotek z unikalnymi kombinacjami indeksów w jednym przebiegu. Biblioteki przygotowane z użyciem zestawu są kompatybilne z sekwenatorami Illumina i wykorzystują startery sekwencyjne Illumina.
Zestaw obejmuje regiony genów najczęściej związanych z nowotworami mieloproliferacyjnymi.
Całkowity czas przygotowania biblioteki wynosi mniej niż 3 godziny, z ograniczoną liczbą etapów manualnych.
Kompletne Master Mixy w formacie ready-to-use ograniczają ryzyko błędu i upraszczają workflow laboratoryjny.
Zestaw umożliwia przygotowanie bibliotek dla 16 próbek z unikalną kombinacją indeksów.
Dane sekwencyjne mogą być analizowane w module fastGEN oprogramowania GENOVESA, obejmującym kontrolę jakości, filtrowanie wariantów i generowanie raportów.
